STT Makedonia berdiri karena pergumulan dan keprihatinan atas kualitas lulusan perguruan tinggi teologi yang dihasilkan oleh STT dan diserap oleh gereja, sekolah-sekolah, dan lembaga-lembaga Kristen lainnya. Memang harus diakui bahwa tidak semua STT yang asal mendidik dan meluluskan mahasiswa. Ada yang kurang menekankan mutu pendidikan yang integratif, kritis, misioner, berintegritas, dan imani. Akibatnya, gereja menampung pemimpin-pemimpin jemaat dan masyarakat yang tidak mampu menjadi panutan (teladan), karena dalam banyak hal lulusan-lulusan STT justru tidak siap menerima tanggung jawab. Potret STT (dengan lulusannya) seperti ini mendorong Pdt. Bigman Sirait, yang sudah berhasil mendirikan Sekolah Kristen Makedonia (SKM) di Ngabang, Kalbar, melalui Yayasan MIKA mencanangkan dalam Rencana Program Jangka Panjang (RPJP) untuk memulai satu Perguruan Tinggi Teologi yang akan dikelola oleh Yayasan MIKA.
Dengan kata lain. STT Makedonia lahir dari sebuah pergumulan yang riil sekaligus terencana dengan baik. Modal penting mengelola sistem STT Makedonia tidak akan berbeda jauh dengan Sekolah Kristen Makedonia (SKM). Baik sistem, sarana prasarana, dosen, dan elemen-elemen dasar dari STT' Makedonia akan diarahkan pada misi, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat.
Pendiri terus-menerus menggelorakan semangat pantang menyerah untuk memajukan gereja yang sehat, kritis, dan misioner serta membangun bangsa Indonesia dalam kapasitas lulusan STT Makedonia sebagai pemimpin di masa depan dan berusaha untuk menjadi mitra strategis gereja dan bangsa dalam meningkatkan notion competitiveness.
“Menjadikan pemimpin gereja yang misioner dan kritis, melayani dengan hati hamba, memimpin zaman di segala abad dan menjadi teladan bagi umat Tuhan”.
STT Makedonia memahami bahwa misi tunggal orang percaya adalah memberitakan Injil dan mengaktualisasikan kasih kepada Allah dan sesama, untuk membebaskan manusia dari belenggu dosa oleh kuasa salib Kristus. dan hidup untuk menjadi murid Yesus Kristus yang melayani, dan menciptakan perubahan lingkungannya, bagi kemuliaan 'TUHAN.
(a) Tersedianya lulusan yang siap memimpin gereja (dan bangsa) dengan Spiritualitas, Pengetahuan, Integritas, dan Kompetensi (SPIRIT), (b) Tersedianya lulusan yang mampu memajukan gereja dan masyarakat melalui penelitian dan pengembangan [research and development ) di bidang leadership, (c) Teraktualisasinya Spiritualitas, Pengetahuan. Integritas, dan Karakter (SPIRIT) dalam wujud nyata pengabdian kepada masyarakat, baik kepada warga gereja maupun warga masyarakat secara umum.
Lima keunggulan STT Makedonia adalah kritis, kompeten, aktual, keteladanan, dan imani. Kritis merupakan wujud dari budaya akademis/ilmiah. Kritis yang dimaksud di sini adalah pemikiran konstruktif. Kompeten adalah indikator atau ukuran terhadap kesiapan lulusan mengabdi kepada masyarakat. Aktual terimplementasi dari kepekaan lulusan untuk mampu menerapkan servant leadership dengan fokus mengasihi Allah dan sesama. Keteladanan adalah nilai yang mencerminkan integritas lulusan sebagai pemimpin gereja dan bangsa. Iniani menunjukkan kehidupan rohani lulusan yang sehat dan dewasa di dalam Kristus.
Jenjang dan Program Studi Sekolah Tinggi Teologi Makedonia menyelenggarakan jenjang studi Stratum Satu (Si), Program Studi (Prodi) Teologi. Pembelajaran di STT Makedonia dirancang sedemikian rupa, sebagai upaya untuk menyeimbangkan misi, iman, kompetensi, dan karakter. Mahasiswa yang belajar di sini akan dilatih berpikir kritis, teologis, dan berperilaku etis dalam tanggung jawab mereka sebagai calon pemimpin gereja dan bangsa.